Arduino Due使用：

Arduino Due 可以通过多种方式与电脑、其他Arduino 或者其他控制器通信, 也可以和其他不同的设备通信，像手机、平板、相机等等。SAM3X提供一组硬件UART和3组TTL (3.3V) 电平的UARTs 来进行串行通信。程序下载接口连接着 ATmega16U2, 他虚拟了一个COM口在(Windows需要一个 .inf文件来识别该设备, 而OSX 和 Linux 可以自动识别). SAM3X 的硬件UART也连接着ATmega16U2。 串口 RX0和TX0通过ATmega16U2 提供了用于下载程序的串口转USB通信。ArduinoIDE包含了一个串口监视器， 可以通过串口监视发送或接收简单的数据。当数据通过16U2传输时 或者 USB连接电脑时（并不是0，1上的串口通信），板子上的RX和TX两个LED会闪烁。

原生的USB口虚拟串行CDC通信，这样可以提供一个串口，与串口监视器 或者 你电脑上其他应用相连。这个USB口也可以用来模拟一个 USB鼠标或者键盘。要使用这个功能，请查看鼠标键盘库支持页面 。这个原生USB口也可以作为USB 主机去连接其他外设，如鼠标, 键盘、智能手机. 要使用这个功能， 请查看USBHost支持页面。

SAM3X 也支持TWI和SPI通信.。ArduinoIDE中可以通过Wire库轻而易举的使用TWI总线；使用SPI库可以进行SPI通信，细节方面请查看SPI支持页面。

Arduino Due通过ArduinoIDE中的“download”下载程序.。在SAM3X的Arduino上 上传程序和AVR控制器有所不同，这是因为flash在上传程序前，需要被擦写。 SAM3X 的ROM中的程序会进行上传任务，但运行该程序的前提是SAM3X的flash空间是空的。连接示意图如下：